Prilikom upotrebe peptida često se susrećemo sa pokazateljima čistoće peptida i sadržaja peptida. Mnogi ljudi se mogu pitati zašto je njihova čistoća peptida 95%, ali sadržaj peptida je samo 80%. To je zato što su ovo dva potpuno različita koncepta.
Čistoća peptida: Čistoća peptida se odnosi na količinu ciljnog peptida otkrivenu na 214 nm (214 nm je apsorpciona talasna dužina peptidnog lanca) korišćenjem HPLC analize.
Sadržaj peptida: Odnosi se na postotak peptida u odnosu na ne-peptidne supstance u uzorku.
Čistoća peptida se odnosi na sadržaj ciljnog peptida detektovan HPLC na 214 nm (214 nm je apsorpciona talasna dužina peptidnog lanca). Osim ciljnog peptida, HPLC može otkriti nečistoće uključujući: izbrisane sekvence (ciljne sekvence kojima nedostaje jedan ili više aminokiselinskih ostataka), skraćene sekvence (sekvencije nastale tokom zaštite) i nepotpuno deprotektirane sekvence (što rezultira procesom sinteze ili konačnim procesom cijepanja). Međutim, HPLC ne može otkriti vodu i zaostale soli kao što su trifluoracetat (TFA) i acetat. Tokom sinteze peptida, peptidna sekvenca se odvaja od smole pomoću TFA, a mala količina TFA se takođe stvara tokom prečišćavanja. Stoga, slobodni amino terminus i drugi bočni lanci peptida, kao što su Arg, Lys i His, mogu generirati male količine TFA nečistoća. Drugi problem je vlaga. Peptidi se obično dehidriraju liofilizacijom, ali čak i tako, voda će postojati u različitom stepenu ovisno o kovalentnom kapacitetu vezivanja. Stoga, isporučeni peptidi obično sadrže TFA soli i količine vode u tragovima, koje se HPLC ne može otkriti, što dovodi do razlika u sadržaju i čistoći peptida.
